身体障がい者の水泳競技は、1964年の東京パラリンピック大会と1965年の国民体育大会のあとに開催された第1回全国身体障害者スポーツ大会(岐阜大会)が全国的な競技会の始まりです。

 しかし、この大会は一生涯に1度の参加しか許されず、競技として競泳を続けていこうとしても、県レベルの大会しか競技会がない状況でした。

 1974年日本で初めて大阪市に身体障がい者専用のスポーツセンターがオープンし、多くの身体障がい者がスポーツに親しむようになりました。このような状況の中で、全国規模の大会を開催しようとの声があがり、日本選手権大会開催を目標に、1984年4月に日本身体障害者水泳連盟が発足し、1984年9月9日に「第1回日本身体障害者水泳選手権大会」が開催されました。その後、日本選手権大会は毎年実施しています。

 一方、世界では、オリンピックに並ぶパラリンピックが1989年に国際パラリンピック委員会(IPC)の設立を機に、障がいのある選手による世界最高峰の競技大会へと発展していきます。日本においても、パラリンピックへの参加を目指して、1991年以降、(公財)日本障害者スポーツ協会と共催して、より高いレベルの選手による競技会としてジャパンパラ水泳競技大会を実施してきました。 また、国際大会への派遣や選手強化のための合宿など、パラリンピックを目指した活動を展開しています。

 2013年4月からは新たな組織を設立、今までの理念を引き継ぎながら、一般社団法人「日本身体障がい者水泳連盟」として活動を進めています。